Tàu Emma Maersk được trang bị 1 động cơ Wärtsilä-Sulzer RTA96-C có công suất 109.000 mã lực (82 MW) và 5 động cơ Caterpillar 8M32 có công suất 40.000 mã lực (29,4 MW). Tập đoàn cho biết là việc đóng tàu này có quan tâm tới vấn đề môi trường, ví dụ phần vỏ tàu chìm dưới nước được sơn bằng loại sơn dựa trên silic, thay vì dùng loại biôxít thông thường, loại sơn này có thể chống hà bám vào vỏ tàu, chúng làm tăng sức cản của nước vào tàu, do đó mỗi năm tiết kiệm được khoảng 1.200 tấn nhiên liệu. Tàu cũng có hệ thống đưa khí thải từ động cơ trộn chung với khí mới rồi đưa trở lại động cơ tái sử dụng.